IMAPが使えない

これは人によっては致命的と言える欠点ですが、使わない人にはどうでもいい機能。
GoogleAppsではIMAP利用可能なので、PCのメールソフトやiPhoneで便利に使っている人も多いでしょう。
私自身はPCでは不要メールをサクサク削除し、サーバー側に残しておきたい派なので、IMAPは使わずPOP受信しているので、アドミンセンターで不自由は感じていません。